Il primo circolo ARCI Gay nasce a Palermo il 9 dicembre del 1980, in seguito alla mobilitazione suscitata dalla tragedia di Giarre dove, due mesi prima, due giovani si erano fatti "suicidare" perché la loro relazione era dileggiata in tutto il paese.
Successivamente nascono altri circoli ARCI Gay in alcune città italiane, ma fino al marzo del 1985 l'ARCI Gay rimane una emanazione della Commissione Nazionale Diritti Civili dell'ARCI.
Promotore dell'ARCI Gay è Don Marco Bisceglia, prete cattolico dell'area del dissenso noto soprattutto come animatore insieme a Don Mazzi, delle comunità di base.
La prima importante riunione nazionale dell'ARCI Gay avviene a Palermo nel 1982 alla presenza dei dirigenti nazionali dell'ARCI: questa riunione viene considerata a tutt'oggi come il primo congresso nazionale dell'Associazione.
Nel 1984 si apre la discussione nel movimento sulla necessità di costruire e rafforzare una significativa presenza nazionale. Questa discussione porta all'unificazione di quasi tutti i gruppi gay italiani esistenti nell'Arcigay nazionale che, nell'assemblea nazionale del marzo 1985, decide di trasformarsi in organizzazione nazionale vera e propria dotandosi di una piattaforma, di un direttivo, di un presidente nazionale, Beppe Ramina, e di un segretario nazionale, Franco Grillini. L'associazione stabilisce la sua sede nazionale a Bologna, presso il Cassero di Porta Saragozza, primo centro italiano di cultura omosessuale dato in affitto, a partire dal 28 giugno 1982, da una amministrazione pubblica ad una associazione omosessuale, il Circolo Culturale 28 Giugno.
Queste decisioni saranno poi ratificate dal II Congresso Nazionale dell'Arcigay tenutosi a Bologna nel dicembre 1985 a Villa Guastavillani.
Nel maggio dell'85 l'Arcigay concorre a pubblicare insieme al gruppo Abele di Torino il primo libro italiano sull'AIDS scritto da Giovanni Dall'Orto, pubblicazione che rimarrà l'unica in libreria fino al 1988. Con questo testo inizia l''impegno della Associazione nella lotta contro l'AIDS, impegno che prosegue tutt'ora e che ha avuto come punti salienti dell'azione dell'associazione la distribuzione gratuita di diversi milioni di preservativi e materiale informativo, la costruzione dei consultori autogestiti per la salute delle persone omosessuali, la partecipazione alla Consulta per la Lotta Contro l'AIDS del Ministero della Sanità.
L'1 agosto del 1985, a Rocca Imperiale, si svolge il primo campeggio dell'Arcigay, con grande risonanza sulla stampa nazionale. In quagli anni, con la nascita di Arcigay nazionale, cambiano radicalmente i rapporti con i mezzi di comunicazione di massa ed in particolare con la televisione. Attraverso centinaia e centinaia di comunicati stampa, articoli, interventi, l'Arcigay contribuisce a modificare radicalmente l'immagine negativa dell'omosessualità nella società e nella cultura ed in particolare a combattere stereotipi, pregiudizi, razzismi omofobici.
Il 20 giugno del 1986 a Roma, nella Sala del Cenacolo del Parlamento, ha luogo un convegno nazionale dal titolo "Omosessuali e Stato". Nel dicembre dell'87 si tiene il terzo congresso nazionale dell'Arcigay, a cui parteciperanno una ventina di parlamentari, che elegge Presidente dell'associazione Franco Grillini.
Nel 1988 Alma Cappiello, deputata socialista, presenta la prima proposta di legge sulle convivenze omosessuali. Negli anni seguenti saranno diverse le proposte di legge elaborate dagli uffici legislativi dell'Arcigay e presentate in Parlamento. fra queste, le proposte di legge sulle Unioni Civili e quelle contro le discriminazioni basate sull'orientamento sessuale.
Nel novembre dell'89 si incontrano a Verona trecento lesbiche aderenti all'Arcigay: si tratta del primo grande incontro nazionale di donne omosessuali che decidono di affrontare l'impegno politico fino ad allora ritenuto campo maschile per eccellenza dal lesbismo che era essenzialmente separatista. Questa scelta porterà alla nascita di Arcigay Donna al quarto congresso nazionale dell'associazione che si svolgerà a Bologna nel febbraio del '90 e alla elezione di una donna, Graziella Bertozzo, come Segretaria Nazionale.
Il 1º dicembre del 1990 una delegazione dell'Arcigay è ricevuta dal presidente della Repubblica Francesco Cossiga.
Il Congresso successivo si terrà ancora a Bologna nel febbraio '92, con il titolo "Darsi valore". Al successivo Congresso di Rimini, nell'aprile '94 l'associazione trasforma la sua denominazione in Arcigay Arcilesbica, diventando l'unica associazione italiana il cui Statuto preveda l'elezione degli organismi dirigenti sulla base di una quota del 50% per ognuno dei due sessi. Lo stesso congresso lancia la proposta di un Gay&Lesbian Pride nazionale da tenersi a Roma in collaborazione con altre associazioni: l'iniziativa avrà grande partecipazione e risonanza, e può essere considerata la prima manifestazione di massa degli omosessuali in Italia.
In autunno Giulia Crippa sostituisce Graziella Bertozzo come Segretaria Nazionale e coinvolge l'attenzione della stampa e dell'opinione pubblica nazionale sulla questione dell'inseminazione artificiale.
Il 2 luglio del '95 ha luogo a Bologna il 2º Gay&Lesbian Pride. A settembre, a Verona, un'altra manifestazione nazionale, "Alziamo la testa", contro la risoluzione gravemente discriminatoria nei confronti degli omosessuali del locale Consiglio Comunale.
Nel febbraio '96 si conclude la campagna di raccolta firme sulle Unioni Civili: 90.000 firme raccolte in pochi mesi, di cui 15.000 nella sola Bologna.
Il 29 giugno, 3º Gay & Lesbian Pride a Napoli : "Iesce Sole"
Il settimo congresso nazionale dell'Arcigay, a Rimini, nell'ottobre '96, sancisce l'articolazione dell'associazione in Arcigay e in Arcilesbica, che viene alla luce come prima associazione nazionale italiana lesbica non separatista. Davide Barba diviene Segretario nazionale, affiancando Franco Grillini che è riconfermato alla presidenza. L'articolazione delle due associazioni non sarà condivisa da tutti i circoli: usciranno dall'Arcigay i circoli di Torino, Firenze, Sassari, Verona, Catania e Padova (quest'ultimo rientrerà nel 2000).
Nel gennaio del '97 parte il Progetto di ricerca sui comportamenti omosessuali del Ministero della Sanità condotto dall'Arcigay e dall'Università di Bologna. In maggio ha avvio la Campagna di distribuzione nazionale di materiale di Informazione e Prevenzione all'AIDS del Ministero della Sanità rivolta alle persone omosessuali. In maggio ha luogo a Rimini il Iº Seminario nazionale di formazione "HIV/AIDS nella comunità gay e lesbica", seguito dopo pochi mesi dal secondo seminario. Intanto Arcigay partecipa al suo primo progetto europeo: il GAP, sulle strategie di intervento sull'AIDS nella comunità omosessuale, promossa dall'European Gay Aids Prevention Network di cui l'Arcigay è partner insieme ad associazioni di Austria, Belgio, Danimarca, Francia, Germania, Irlanda, Lussemburgo, Portogallo, Regno Unito, Spagna e Svezia.
In giugno ha luogo il Pride organizzato da Arcigay a Venezia. Nei mesi successivi l'associazione incontra diversi ministri del governo Prodi (Finocchiaro, Veltroni, Napolitano, ) per premere per l'attivazione di politiche in favore della comunità glbt.
Il 13 gennaio 1998 a Roma si dà fuoco lo scrittore gay siciliano Alfredo Ormando. Arcigay lancia la Giornata internazionale contro la discriminazione antiomosessuale su base religiosa, che da allora si celebrerà ogni anno in quella data.
Nel marzo del '98 un progetto di legge steso dall'Arcigay sulle Unioni Affettive viene depositato alla Camera. Fra i firmatari l'ex Presidente della Camera Nilde Jotti (PDS) e il filosofo Lucio Colletti (Forza Italia).
Intanto parte la sesta campagna di prevenzione promossa dal Ministero della Sanità. In maggio ha luogo a Rimini il 3ºSeminario nazionale sull'informazione AIDS nella comunità omosessuale.
Dal 5 al 7 giugno, a Roma, ha luogo il 9º Congresso nazionale dell'Arcigay. In quella occasione, una delegazione dell'associazione è ricevuta dal presidente della camera Luciano Violante. Sergio Lo Giudice viene eletto nuovo Presidente nazionale. Franco Grillini assume il titolo di Presidente onorario. Davide Barba è confermato Segretario nazionale.
Negli anni seguenti nuovi circoli nasceranno (a Modena, Verona, Ferrara, Cosenza, Grosseto, Genova, Ivrea) o decideranno di affiliarsi all'Arcigay ( Siena, Bolzano, Torino), portando ad oltre trenta il numero dei circoli politico–culturali che compongono l'associazione. Intanto si consoliderà anche la rete dei circoli ricreativi ( discoteche, bar, saune), che oltrepasserà il numero di 50, con oltre centomila tesserati.
In settembre Arcigay partecipa alla campagna di sensibilizzazione che porterà il Parlamento europeo a votare la Risoluzione del 17 settembre contro le discriminazioni delle persone omosessuali. In ottobre una delegazione dell'Arcigay incontra il Ministro della Pubblica Istruzione Luigi Berlinguer per presentargli i progetti di formazione per insegnanti, che riceveranno l'autorizzazione del Ministero.
In novembre Arcigay incontra il Ministro delle Pari Opportunità Laura Balbo per concordare l'istituzione di Commissione per i diritti delle persone omosessuali e transessuali. La presidenza della commissione, varata alcuni mesi dopo, sarà assunta da Franco Grillini.
Il 19 dicembre Arcigay è fra i promotori della manifestazione nazionale sulla laicità della scuola, che vedrà sfilare a Roma decine di migliaia di persone, e dell'analoga manifestazione di Bologna del febbraio '99.
Il 22 maggio 1999 a Como ha luogo la manifestazione nazionale dell'Arcigay a favore delle Unioni Civili.
Il 26 giugno, le associazioni glbt sfilano a Roma in un Pride unitario, dopo due anni di separazioni.
In ottobre, il Consiglio dei Ministri approva un disegno di legge contro le discriminazioni, anche antiomosessuali, proposto dal Ministro per le Pari Opportunità Laura Balbo: il progetto non andrà in porto. Lo stesso mese il Parlamento francese approva il PACS, patto civile di solidarietà, aperto alle coppie gay e lesbiche. A Pisa Arcigay ospita il congresso europeo dell'ILGA .
Il 15 dicembre ha luogo "Educare al rispetto", giornata nazionale sull'omosessualità nelle scuole, organizzata dall'Unione degli Studenti e da Arcigay: assemblee in molte scuole italiane.
Nel 2000 Arcigay è impegnata in diversi progetti promossi dall'Unione Europea (Be Equal Be Different, CERIS, GAP, CID ) a fianco di organizzazioni ( gay e lesbiche, ma anche operanti in altri campi di discriminazioni) dei diversi paesi dell'Unione Europea.
In maggio ha luogo a Milano la Prima conferenza nazionale di programma dell'associazione. Il filosofo Gianni Vattimo, gay dichiarato, viene eletto al Parlamento europeo anche a seguito di una massiccia campagna in suo favore da parte dell'associazione.
Intanto, Arcigay è chiamata a far parte del Tavolo permanente delle Associazioni giovanili presso il Ministero per le Politiche sociali. In febbraio, incontro col Ministro dei Beni Culturali Giovanna Melandri.
Negli stessi mesi Arcigay si impegna a favorire, anche con numerosi interventi pubblici (conferenze, dibattiti, articoli sui giornali, comunicati stampa) la buona riuscita del World Pride Roma 2000, organizzato dal Circolo Mario Mieli. L'8 luglio i circoli dell'Arcigay parteciperanno massicciamente all'iniziativa. In settembre parte la denuncia contro il sindaco di Chieti Nicola Cucullo, che aveva pesantemente minacciato i gay.
In ottobre Arcigay ed Arcilesbica sono insieme in molte piazze italiane per la Giornata nazionale contro l'omofobia, una raccolta di firme contro le dichiarazioni razziste ed omofobe del leader della Lega, Umberto Bossi. In novembre, a Perugia meeting internazionale di presentazione del progetto BEBD.
Nel maggio 2001 il presidente onorario dell'Arcigay Franco Grillini e la presidente di Arcilesbica Titti De Simone sono eletti alla Camera dei Deputati.
Fra giugno e luglio Arcigay partecipa alle iniziative legate al Glbt Pride. In particolare, il 22 giugno a Milano organizza il Convegno internazionale "Diritti in Europa".
In occasione dell'incontro del G8 a Genova, Arcigay aderisce al cartello di più di settecento associazioni promosso dal Genoa Social Forum, per la globalizzazione dei diritti civili.
Il 14 novembre 2001, Arcigay manifesta sotto l'Ambasciata egiziana a Roma per protestare contro la detenzione di numerosi cittadini imprigionati in quanto omosessuali.
L' 1, 2 e 3 febbraio 2002 si tiene a Riccione il 10º Congresso nazionale Arcigay, col titolo "Costruiamo la libertà, riprendiamoci l'amore": Sergio Lo Giudice viene riconfermato Presidente, Grillini Presidente onorario, mentre Aurelio Mancuso viene eletto nuovo Segretario nazionale.
Entrambi sono stati riconfermati alla guida dell'associazione nel corso dell'XI congresso nazionale tenutosi a Bologna nel marzo del 2005.
Nel 2007 si tiene a Milano il XII Congresso Nazionale che elegge Aurelio Mancuso presidente Nazionale e Riccardo Gottardi Segretario Nazionale. Sergio Lo Giudice, presidente uscente, è eletto presidente onorario aggiungendosi così a Franco Grillini